Les autres réponses sont correctes, mais omettent de souligner quelques différences :
Permissions
Les applications système ont la possibilité de demander certaines autorisations réservées au système qui ne sont jamais disponibles pour les applications utilisateur. Il s'agit pas les mêmes que les autorisations Root/sudo/su.
Un exemple que je connais et que j'utilise quotidiennement est la possibilité de réinitialiser le compteur de notifications d'appels manqués. J'ai Go Dialer, qui remplace l'application de numérotation et de contact (qui permet de passer des appels téléphoniques). Lorsque je rate un appel, Android me le fait savoir par une notification. Cependant, Go Dialer n'est pas autorisé à réinitialiser ce compteur, même s'il demande cette permission lorsque vous installez l'application. Android 2.2 et les versions antérieures permettaient aux applications utilisateur de réinitialiser ce compteur, mais Android 2.3 a fait de cette autorisation une autorisation accessible uniquement par le système.
En déplaçant mon application Go Dialer vers la partition système, elle est autorisée à réinitialiser ce compteur. Le Root n'est pas nécessaire pour l'application (sauf, bien sûr, pour déplacer l'application vers la partition système).
Une autre permission du système est la possibilité de définir la position GPS actuelle. Android dispose d'une préférence permettant d'autoriser les localisations fictives, de sorte que toute application d'usurpation de la position GPS que vous installez peut déclarer une position GPS. Mais si l'application se trouve dans la partition Système, les emplacements fictifs peuvent être désactivés tout en laissant l'application usurper la position GPS.
Mises à jour
Les applications système peuvent être mises à jour tout comme les applications utilisateur, mais la mise à jour n'est jamais intégrée à la rom originale. En d'autres termes, les applications système ont la capacité unique de revenir à la version qui existait lorsque la rom a été installée pour la première fois.
Déménager à SD
Android permet aux utilisateurs de se déplacer user applications de la mémoire interne vers la carte sd. Les applications système ne peuvent pas être déplacées et occupent toujours de l'espace interne. La plupart (tous ?) des appareils, cependant, ont des applications utilisateur internes sur une partition différente, donc la désinstallation d'une application système ne vous donnera pas plus d'espace pour les applications utilisateur (autre que le cache dalvik étant supprimé).
Vous récupérerez de l'espace si vous désinstallez les mises à jour d'une application système. Comme indiqué, les mises à jour ne sont pas intégrées à la rom et sont donc stockées dans l'espace utilisateur. Les mises à jour ne sont pas non plus autorisées à se déplacer vers la carte SD, mais si elles sont supprimées, l'espace utilisateur est récupéré.
Comment cela vous affecte
Si vous êtes un utilisateur occasionnel d'Android, vous ne rencontrerez probablement pas de scénarios où l'application système ou l'application utilisateur ferait une différence. Si vous êtes un utilisateur avancé, vous avez probablement Root et pouvez donc changer une application système en application utilisateur (et vice versa) si vous rencontrez une de ces situations.
