Quelle est la différence entre flasher Gapps sur la partition système et installer à partir du Play Store ?

Vous pouvez aller de l'avant et flasher Gapps Pico (Google system Base, Google play services, Google play store) qui contient les applications qui sont essentielles pour le support de Google Play-store. Vous pouvez ensuite installer d'autres applications Google qui correspondent à vos besoins.
Vous pouvez vous référer à l'image ci-dessous pour savoir s'il existe un paquet qui correspond à vos besoins.

Cliquez pour agrandir. source : androidrootz

Sinon, si vous n'êtes pas satisfait, vous pouvez installer le paquet Complete Gapps et désinstaller simplement les applications dont vous n'avez pas besoin en Désinstallateur de racine

Flashing Gapps est juste un processus, avec le même résultat. Vous flasherez Gapps quel que soit le paquet Gapps téléchargé que vous voulez. Typiquement vous flashez votre 1. ROM 2.Gapps en même temps pour avoir au moins Play Services et Store. La plupart des ROMs n'ont que leurs applications pour l'OS, pas pour Google. Donc, à partir de beaucoup d'essais et d'erreurs avec le flashage de ROM sans Gapps ou les "mauvaises" Gapps, il est une douleur à récupérer si vous faites cela comme un processus autonome (sans ordinateur). La façon dont votre Gapps sont configurés loin que le système ou non n'est pas un problème, vous êtes rooté donc vous pouvez changer que la façon dont tout ce que vous voulez.

Répondez à votre question, Oui vous pouvez juste désinstaller ce que vous ne voulez pas ou ajouter plus tard. Vous pouvez flasher par-dessus votre premier flash et il ajoutera les Gapps manquants. Téléchargez-en deux pour les avoir sous la main.

Il n'y a qu'une seule raison de flasher vos Gapps plutôt que de les installer une par une à partir du Play Store ou d'une tierce partie à laquelle je peux penser. Je viens de faire une mise à jour d'Android 7.01 sur une Rom personnalisée et j'ai dû flasher les Gapps avec un patch pour que la 7.01 fonctionne en raison de la sortie précoce.