Non, elles ne seront pas supprimées tant que vous ne demandez pas de réinitialisation d'usine. Si vous effectuez une mise à jour de stock à stock (ou de custom à custom), vos données sont en sécurité et vous ne risquez pas de perdre quoi que ce soit.
Cependant, si vous passez du stock au custom, il y a des cas où vous perdrez vos données.
Je vous recommande de télécharger des applications gratuites sur le Play Market pour sauvegarder vos messages. Quant à vos contacts, vous ne les perdrez jamais, car ils sont synchronisés avec votre compte Google.