Livres électroniques provenant du marché Amazon ou du marché Android?

1. Oui, un eBook du Market Android (dans Google Books) a un format différent du Kindle. Il semblerait que vous pouvez obtenir des livres Google en ePub ou PDF (plus d'informations ici). Les livres d'Amazon sont au format AZW.
2. Cela revient à une question de préférence personnelle. J'ai lu des livres sur Google Books et Kindle sur mon Xoom; je vois peu voire aucune différence de qualité. Les deux peuvent se synchroniser avec mon téléphone pour garder ma position. Comme vous avez un Kindle Fire, peut-être rester dans l'écosystème Amazon serait une bonne idée, car vous pourriez souhaiter annuler le root à l'avenir.
3. Il y a beaucoup de lecteurs PDF; récemment, le logiciel Kindle a été mis à jour pour lire les PDF. Personnellement, j'utilise ezPDF Pro pour les fichiers PDF en raison de sa vitesse et de sa capacité à se rappeler de ma position dans les fichiers PDF de lecture en lecture.
4. Encore une fois, cela serait une question de préférence personnelle; cependant, j'ai chargé Mobi dans l'application Kindle sans problème. Le livre a agi comme tout autre que j'avais en ce qui concerne la lecture (sauf qu'il ne se synchronisait pas sur les appareils et devait être téléchargé manuellement sur chacun d'eux). Je vous suggère de regarder cette question également pour plus d'informations sur les liseuses électroniques.

Donc, l'application Kindle fait ce que vous voulez dans l'ensemble (livres, PDF et Mobi) et est également une partie importante de l'écosystème Amazon Kindle Fire qu'ils ont mis en place pour l'appareil; et peut être la solution si vous décidez de revenir à l'état non root de votre Fire.

Modifier (ajout): Amazon semble également aimer publier des mises à jour qui dérootent votre appareil (et empêchent d'autres méthodes de root connues - pour l'instant). La source indique que sauf si vous avez changé de ROM, vous êtes susceptible de recevoir la mise à jour à tout moment en Wi-Fi.