Le problème avec la plupart des applications spécifiques aux fabricants est qu'elles sont étroitement liées à leur framework spécifique et ne fonctionneront pas sur un OS Android "vanilla".
Dans votre exemple, l'application Contacts de Samsung repose fortement sur les fonctionnalités de leur interface TouchWiz qui est livrée en standard avec le Galaxy SIII, et ne fonctionnera pas correctement (voire pas du tout) sur des ROM personnalisées qui ne sont pas basées sur le firmware Samsung. CyanogenMod est basé sur AOSP (Android Open Source Project) et aucune des applications TouchWiz ne fonctionnera là-dessus. Il en va de même pour la plupart des autres applications des fabricants qui sont livrées avec leurs surcouches UI propriétaires, telles que le BLUR de Motorola (ou quoi qu'ils l'aient renommé,) ou le Sense de HTC par exemple.
Même si vous parvenez à trouver un APK pour une application donnée, l'installer sur un système qui n'a pas le framework requis pourrait potentiellement causer des problèmes allant de force-fermetures, à même l'impossibilité de démarrer l'appareil. Toujours avoir une sauvegarde de votre appareil avant d'essayer de telles modifications et/ou installations, afin de pouvoir restaurer votre appareil dans un état de fonctionnement en cas de problème.
En alternative, vous pouvez essayer de trouver une application de remplacement tierce qui imite la fonctionnalité d'une application spécifique au fabricant qui vous intéresse. Dans la plupart des cas, Android vous permettra de définir l'application téléchargée comme application par défaut au lieu de l'application intégrée. Par exemple, il existe toute une série d'applications de remplacement pour la gestion des Contacts, le Téléphone, et les applications de Messagerie disponibles sur le Google Play Store (gratuites et payantes.) Je suis sûr que certaines d'entre elles auront des fonctionnalités que vous aimez dans l'application correspondante de Samsung.