De votre description, il semble que le problème puisse être dû aux applications intégrées. Les applications intégrées (qui viennent avec le téléphone) n'occupent pas votre espace de stockage, car elles ne se trouvent pas dans la partition de données (où vos applications et données sont stockées), mais dans la partition système. Cependant, elles ne peuvent pas être mises à jour dans la partition système, car elle est en lecture seule. Mettre à jour une application intégrée se fait en installant la nouvelle version dans la partition de données et en ignorant l'ancienne version. L'effet de cela est que la taille totale de l'application occupe la partition de données. Les mises à jour ultérieures ne continuent pas à occuper plus d'espace: une fois l'application dans la partition de données, le package est simplement remplacé par des versions plus récentes de la manière habituelle.
Par exemple, disons que l'application YouTube fait 17 Mo. Lorsqu'elle est fournie avec le téléphone, elle n'occupe aucun espace dans la partition de données. Elle prend 17 Mo dans la partition système, mais comme vous ne pouvez pas utiliser cette partition pour autre chose, cela n'a pas d'importance. Maintenant, vous mettez à jour YouTube depuis Google Play. La nouvelle version prend 17 Mo dans la partition de données, comme si ce n'était pas du tout une application intégrée. L'ancienne version est toujours dans la partition système, inactive, mais cela ne change rien.
Si vous deviez mettre à jour plusieurs applications intégrées en même temps, l'effet serait beaucoup plus important.
Cela ne s'applique qu'à l'application elle-même (le fichier APK), pas à ses données et cache, qui sont toujours stockés dans la partition de données.
Sauf dans le cas des applications système comme celles-ci, deux versions de la même application (identifiées par leur nom de package) ne peuvent pas coexister sur le même appareil. Installer une version plus récente supprime toujours la version plus ancienne.
Sur un appareil rooté, ou si vous installez une ROM personnalisée, vous pouvez rendre la partition système inscriptible et mettre à jour directement les applications intégrées dans la partition système, donc elles n'occuperont toujours pas d'espace dans la partition de données. Cependant, il s'agit d'une entreprise assez risquée: il est facile de modifier accidentellement des fichiers que vous ne devriez pas modifier, et de perdre toutes vos données ou de rendre le téléphone inutilisable. Il y a une raison pour laquelle la partition système est normalement en lecture seule!