Tout comme avec n'importe quelle application: regardez les autorisations demandées et réfléchissez à savoir si l'application a réellement besoin de ces autorisations. Il n'y a rien de intrinsèquement dangereux à utiliser un lanceur personnalisé, mais si elle demande des autorisations qui ne devraient pas être nécessaires juste pour afficher un écran d'accueil, elle pourrait avoir une fonctionnalité malveillante cachée. (Ou elle peut les utiliser à des fins légitimes: par exemple, certains lanceurs populaires demandent l'autorisation d'"appeler directement des numéros de téléphone" afin de pouvoir fournir la possibilité de mettre des icônes d'appel direct sur votre écran d'accueil.)
Pour voir les autorisations d'une application que vous avez déjà installée, allez dans Paramètres -> Applications, trouvez l'application, et faites défiler jusqu'en bas de sa page d'informations. Vous pouvez également voir les autorisations d'une application dans le Play Store avant de l'installer: faites défiler jusqu'en bas de la page de l'application dans le Play Store et appuyez sur "Détails des autorisations".
Notez qu'une application de lanceur saura (naturellement) quelles autres applications vous lancez avec elle. En général, ce n'est pas un problème, mais si l'application de lanceur a la permission Internet, elle pourrait potentiellement envoyer des informations sur les applications que vous utilisez à un tiers, ce qui constituerait une violation de la vie privée.
Lorsque vous désinstallez une application, toutes les données stockées avec l'application elle-même sont supprimées; cela inclut généralement des choses comme les paramètres de personnalisation. Mais si l'application a la permission de "modifier le stockage USB", elle a peut-être également créé des fichiers dans la zone de stockage partagé de votre téléphone - les fichiers que vous voyez lorsque vous branchez le téléphone sur votre ordinateur avec un câble USB. Ils ne sont pas supprimés lorsque vous désinstallez une application, mais vous pouvez les supprimer vous-même, soit avec une connexion USB soit avec une application de gestionnaire de fichiers sur le téléphone lui-même.
Un lanceur personnalisé ne "remplace pas le système d'exploitation natif" de manière dangereuse. C'est simplement une application normale qui répond au bouton Accueil du téléphone.
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Les lanceurs sont plutôt sûrs. Il suffit de regarder les autorisations de l'application avant de l'installer. Je recommande Solo Launcher de mon côté. C'est mon préféré ;)