La réponse "correcte" serait exFAT. La "bonne" réponse serait exFAT, car exFAT est merdique, mais comme elle "corrige" certains des problèmes de FAT, c'est la seule option sans problème.
Oubliez NTFS.
Ext4 serait une bien meilleure option. Devrait-elle être correctement gérée dans Android en ce qui concerne la gestion des droits - d'après ma compréhension assez récente (dernière CM11 à partir de janvier 2015), Android ne s'attend pas à ce que le véritable stockage externe comprenne, sans parler de l'application des droits d'accès. Puisque *FAT n'a aucun concept de droits, ce n'est pas un problème. Cependant, sous Linux, il n'existe pas de moyen propre de désactiver la gestion des droits sur un système de fichiers natif. Le concept de sécurité d'Android utilise les droits d'accès UNIX d'une manière différente de celle prévue. Sans vouloir blâmer Android, le concept UNIX est ancien mais son utilisation a un prix. Le prix est la nécessité d'une gestion externe des droits pour laquelle Android n'est pas prêt et l'utilisateur n'a (généralement) aucun contrôle.
Il existe un moyen d'utiliser ext4 sur Android, appelé Mounts2SD. Il est assez propre et fiable bien qu'il soit tout sauf natif (fait de "hacks méchants" diraient certains). Je ne le recommanderais pas à moins d'avoir une confiance absolue dans ce que vous faites.