Je ne pense pas qu'il existe actuellement une application d'écriture manuscrite. Du moins, pas pour écrire, même s'il en existe pour pratiquer le Kana et le Kanji.
Pour la saisie, j'utilise actuellement Google Japanese Input (10 Mo, gratuit), il est fiable et me semble solide.
Vous avez deux choix : soit saisir en Romaji, soit saisir le Kana directement. Dans cette deuxième option, vous cliquez sur le (gyou). Par exemple, cliquez sur le Sa-gyou pour choisir les syllabes commençant par s- (sa, shi, su, se, so), puis faites glisser vers celle que vous voulez.
Un exemple visuel dans l'image ci-dessous : l'utilisateur a choisi le Ra-gyou (ra, ri, ru, re, ro), et a fait glisser vers "ri", mis en surbrillance juste au-dessus.