Si vous avez une ROM que vous mettez simplement à jour avec une version plus récente de cette ROM, vous devrez réinstaller le noyau personnalisé. Il n'est généralement pas recommandé de flasher une ROM sur une autre différente sans l'effacer. Je n'ai pas eu d'expérience avec mes téléphones qui ont été "bricqués" ; cependant, cela peut provoquer un crash de votre ROM et des applications/réglages dans votre nouvelle ROM ou ne pas agir comme prévu. Le "dirty flashing" n'est généralement effectué qu'avec des mises à jour de la même ROM personnalisée.
La meilleure pratique consiste généralement à faire une installation propre, ce qui signifie effacer les données, le cache et les données système. Cela implique la perte de toutes vos données personnelles et peut également inclure la mémoire interne selon l'appareil. Je vous invite à consulter le forum dédié à votre appareil pour plus de détails sur la façon de nettoyer et d'installer correctement ces éléments.
Pour répondre à votre autre question, vous n'avez pas besoin d'installer une ROM Stock à chaque fois avant de flasher une nouvelle ROM personnalisée.