Sous Linux, le chiffrement des données de l'utilisateur implique généralement l'utilisation d'une partition/conteneur chiffrée pour le répertoire /home de l'utilisateur. Toutes les données de l'utilisateur sont stockées à cet endroit et l'utilisateur est donc raisonnablement en sécurité. Sous Android, toutes les données utilisateur sont stockées sur la même partition, la partition /data. Les données utilisateur pour les applications vont dans /data/user/(userid), le stockage externe émulé dans /data/media. Les fichiers binaires des applications sont partagés entre les utilisateurs et se trouvent dans /data/app et /data/lib. En d'autres termes, les données de l'utilisateur peuvent se trouver un peu partout.
En théorie, vous pourriez créer une partition pour les données de chaque utilisateur et le stockage externe émulé, chiffrer cette partition et configurer les points de montage/liens symboliques de manière à ce que le chiffrement soit effectué de manière transparente.
Cependant, cela nécessiterait de sérieuses modifications du système de fichiers et probablement de la ROM et du noyau lui-même car le système doit avoir les répertoires /data/user/x montés au démarrage. Je n'ai jamais entendu parler d'une ROM (personnalisée) qui fait cela, donc si vous voulez que toutes vos données utilisateur soient cryptées, vous devrez le programmer vous-même.
Si votre appareil possède beaucoup de ROMs personnalisées, vous pouvez télécharger et modifier une ROM existante avec des scripts de démarrage. Mais cela représente probablement beaucoup de travail.