L'enracinement n'est nécessaire que si vous installez une application système dans les limites du système d'exploitation Android.
Si vous pouvez flasher votre propre ROM, vous pouvez contourner toutes les restrictions imposées par le système d'exploitation, car vous pouvez faire tout ce que vous voulez avec un bootloader personnalisé avant que le système d'exploitation n'ait la possibilité de se charger et de restreindre les choses.
Si vous créez une ROM personnalisée (hors sujet pour ce site), vous pouvez éditer la ROM sur un ordinateur et la flasher sur le téléphone.
Vous pouvez simplement flasher un fichier en utilisant une récupération personnalisée (telle que TWRP ou ClockWorkMod).
Si vous êtes sur un téléphone stock avec un bootloader verrouillé, vous pouvez toujours temporairement Rooter votre téléphone, remonter le système en lecture-écriture, ajouter l'application, puis supprimer le Root.
En ce qui concerne les mises à jour, tant que l'application dans le répertoire système est signée par votre clé, vous devriez pouvoir la mettre à jour (Root non requis). Vous aurez cependant besoin d'un moyen de diffuser les mises à jour. Vous pouvez publier dans le Google Play Store, utiliser un magasin tiers (comme Amazon App Store ou F-Droid), ou demander à l'utilisateur de télécharger l'application et de la mettre en ligne. Si vous avez également écrit l'application en question, vous pourriez probablement programmer un moyen de l'auto-mettre à jour (ce qui n'est pas non plus le sujet de ce site).