[Je peux restaurer seulement /system et démarrer ma ROM originale ?
Cela dépend de ce qui se trouve dans la sauvegarde. Si vous avez pris la sauvegarde de votre ROM stock et que vous faites référence à la même sauvegarde, alors oui, la restauration de /system en utilisant cette sauvegarde particulière restaurerait la ROM de base. Mais vous aurez besoin de restaurer /boot aussi puisque cela fait partie de la ROM stock aussi.
Cependant, si vous devez restaurer une ROM différente, même si c'est une ROM stock, c'est une bonne pratique de faire un flash propre ou au moins d'écraser les fichiers /data et /cache existants avec ceux de la sauvegarde pour éviter les conflits entre les différentes versions de fichiers/applications qui peuvent causer un bootloop ou une décharge de la batterie ou autre.
Dans votre cas, puisque vous ne pouvez pas restaurer /data à partir de la sauvegarde, je vous conseille de faire une sauvegarde complète de votre ROM actuelle (y compris les données utilisateur), puis de réinitialiser /data (sauf /data/media) et /cache, et enfin de restaurer /system et /boot à partir de la sauvegarde de la ROM stock. De cette façon, vous vous retrouverez avec une ROM stock vierge et vous pourrez toujours restaurer /data lorsque vous parviendrez à corriger l'erreur que vous avez mentionnée. C'est le chemin du moindre problème.