Il y a une question similaire qui couvre une partie de cela : Risques de sécurité liés au rootage de votre smartphone Android. Cependant, comme cela n'explique pas vraiment comment gérer l'accès à l'utilisateur root, je vais développer un peu plus ici.
Lorsque vous rooter votre appareil, vous installez essentiellement toujours (techniquement, je suppose que ce n'est pas obligatoire, mais vous devriez) l'application Superuser ainsi que le binaire su. Le seul but de Superuser est de gérer quelles applications sont autorisées à accéder au root et lesquelles ne le sont pas. Le comportement par défaut est que Superuser vous demandera chaque fois qu'une nouvelle application tente d'exécuter un appel à su, et vous pourrez alors l'autoriser ou le refuser à l'aide de la fenêtre contextuelle. Il peut enregistrer vos décisions pour que vous ne soyez pas sollicité plus d'une fois pour la même application, mais vous pouvez effacer ces données enregistrées depuis la page des paramètres de Superuser. Il propose également un visualiseur de journal qui garde une trace des moments où su est accédé et par quelles applications.
Maintenant, la partie délicate est que de nombreuses applications malveillantes plus récentes utiliseront en réalité une faille pour accéder au root plutôt que de simplement essayer d'appeler su. Il n'y a vraiment pas grand-chose que vous puissiez faire à ce sujet, à part être prudent sur ce que vous installez et d'où vous installez des applications, car elles n'utilisent même pas su pour commencer. Cependant - pour répondre directement à votre question - les applications qui nécessitent un accès root légitime peuvent être facilement gérées par Superuser comme expliqué ci-dessus.
Si vous avez rooté votre appareil mais que vous n'avez pas encore Superuser, vous devriez pouvoir simplement l'installer depuis le Market, je crois.
