Oui, vous perdrez vos mises à jour, ainsi que toute autre application installée qui n'était pas fournie avec le stock. Mais vous pourrez mettre à jour les applications via Google Play, et vous ne perdrez pas les achats que vous avez effectués (ils sont stockés pour toujours dans le cloud de Google).
Je ne sais pas pourquoi ça vous préoccupe, cependant. Je peux comprendre que vous ne vouliez pas perdre vos paramètres et vos données, mais le seul inconvénient de la perte des mises à jour des applications est le temps et la bande passante nécessaires pour les remettre à jour par la suite.
Edit : Vous demandez probablement des informations sur les mises à jour du système d'exploitation. Votre téléphone fait pas conserver une image originale de l'OS. Ainsi, une fois que vous aurez mis à jour votre système d'exploitation (soit par des mises à jour OTA, soit en installant une Rom personnalisée), vous ne pourrez pas revenir à l'ancienne version d'Android. Une réinitialisation d'usine devrait simplement remettre le téléphone à zéro avec la version actuelle d'Android.