Comme un processus de sauvegarde/restauration (partiellement) automatisé semble une option bienvenue, je pourrais vous orienter vers Titanium Backup. Au moins dans sa version payante (je l'ai achetée il y a longtemps, donc je ne me souviens pas des différences avec la version gratuite), il vous offre des sauvegardes automatisées/planifiées ainsi que des restaurations. Vous pouvez définir des "étiquettes" (grouper efficacement des applications) et opérer en fonction de celles-ci, par exemple en sauvegardant/restaurant uniquement des applications avec une certaine étiquette. TiBu vous permet de différencier ce que vous voulez sauvegarder/restaurer également en termes d' "application, données ou les deux", donc vous avez toute une série de possibilités.
Cette application a également la possibilité de garder une copie de sa configuration sur votre carte SDCard. Au démarrage pour la première fois (par exemple, sur une ROM fraîche), elle vérifierait cette copie et l'utiliserait, afin que ses paramètres survivent même à une suppression.
Vous devrez peut-être toujours faire attention aux "données système", car les structures (par exemple dans les bases de données SQLite) pourraient avoir changé. Mais TiBu peut même s'occuper de cela si vous activez son "mode migration".
En résumé, bien que ce ne soit pas une solution agréable en un clic, cela pourrait quand même faciliter vos mises à jour. Même entre différentes ROMs ou même appareils (je l'ai beaucoup utilisé pour des choses comme ça, et j'ai ainsi transféré mes applications et données de mon ancien HTC Wildfire via Motorola Milestone² vers mon LG Optimus 4X de cette manière).